Voici quelques conceptions initiales d'élèves :

• Les atomes sont visibles au microscope.
• Difficulté à discerner atome de cellule.
• Il y a de l’air entre les atomes.
• Dans un corps chauffé, les atomes s’éloignent (sans parler de leurs énergies intrinsèques).
• Un atome, c’est une molécule.
• L’atome et la cellule ont les mêmes dimensions.